При проверке обновлений Drupal создает несколько строк внутри таблицы key_value, которую следует удалить после завершения проверки, но похоже, что они не по какой-то причине. Поэтому удаление связанных строк вручную решило мою проблему:
delete from key_value where collection='update_fetch_task'